Il Direttore Scientifico, cui compete la responsabilità dell’attività di ricerca, in coerenza con i programmi nazionali e regionali in materia e nei limiti delle risorse assegnate, è nominato, ai sensi del D.P.R. n. 42/07, dal Ministro della Salute, sentito il Presidente della Regione.
Il Direttore Scientifico promuove e coordina l'attività di ricerca scientifica e gestisce, nel rispetto delle leggi e dei regolamenti vigenti in materia ed avvalendosi delle strutture organizzative dell'ente, il relativo budget, concordato annualmente con il Direttore Generale in relazione alle proposte del Consiglio di indirizzo e verifica.